В отношении ряда операций по реализации товаров, работ, услуг (п. 3 ст. 149 НК РФ), организации и ИП могут самостоятельно решить: уплачивать НДС в общем порядке или не облагать данные операции налогом. Если же налогоплательщик намерен отказаться от полученной льготы, ему необходимо уведомить об этом инспекцию. Для этого нужно подать соответствующее заявление не позднее 1-го числа налогового периода (квартала), с которого предполагается не применять освобождение от НДС (п. 5 ст. 149 НК РФ).

По мнению налоговиков, если заявление не подавалось либо было подано с опозданием, то в таком случае отказ от льготы недействителен. Если налогоплательщик выставил счет-фактуру с выделенным НДС, то всю сумму налога нужно уплатить в бюджет, однако принять НДС к вычету нельзя (письма Минфина от 19.09.13 № 03-07-07/38909, ФНС России от 26.08.10 № ШС-37-3/10064 — «Применить вычет по НДС не получится, если продавец отказался от льготы по неуплате данного налога позже срока»).

С подобной проблемой столкнулась организация, которая осуществляла «льготные» операции. Фактически налогоплательщик не применял освобождение и уплачивал налог в бюджет. Но заявление об отказе от освобождения от льготы было направлено с опозданием, вместе с «уточненкой» по НДС. В инспекции заявили: поскольку заявление представлено с нарушением срока, у налогоплательщика нет права на вычет НДС.

Верховный суд принял решение в пользу организации. Обосновав свою позицию тем, что какие-либо последствия попуска срока, установленного в п. 5 ст. 149 НК РФ. То есть срок, установленный для подачи заявления, не является пресекательным. В качестве письменного заявления о налоговых льготах, согласно п. 1 ст. 80 НК РФ, может рассматриваться налоговая декларация. Право на льготу, не использованную в предыдущих налоговых периодах, налогоплательщик может реализовать, в том числе, путем подачи уточненной декларации. В рассматриваемой ситуации организация льготой не пользовалась (уплачивала НДС со стоимости реализованного товара и принимала к вычету «входной» НДС, предъявленный поставщиками). При таких обстоятельствах суд признал наличие у налогоплательщика права на применение налоговых вычетов в течение трехлетнего срока.

Подробнее: Определение ВС РФ от 21.02.17 № 305-КГ16-14941.