Если работы по реконструкции объекта основных средств были оплачены за счет бюджетных субсидий, входной НДС по этим работам можно принять к вычету. Письмо Минфина России от 11 ноября 2015 г. № 03-07-11/65021.

В рассматриваемом письме Минфин России напомнил, что организации и предприниматели вправе уменьшать сумму НДС, исчисленную к уплате в бюджет, на суммы входного НДС по товарам (работам, услугам), которые приобретаются для облагаемых НДС операций (п. 1, 2 ст. 171 НК РФ). 
Финансисты отметили, что в Налоговом кодексе не предусмотрено никаких особенностей для применения вычетов по товарам (работам, услугам), которые приобретаются за счет бюджетных средств.

Следовательно, если работы подрядной организации по реконструкции основного средства были оплачены з счет субсидий из бюджета, то входной НДС по таким работам можно принять к вычету в общеустановленном порядке (ст. 171, 172 НК РФ).

Чиновники также коснулись темы начисления амортизации по реконструированному зданию, если объект на время реконструкции не являлся амортизируемым имуществом.
Напомним, что пункт 3 статьи 256 Налогового кодекса гласит: из состава амортизируемого имущества исключаются в том числе основные средства, находящиеся на реконструкции и модернизации свыше 12 месяцев. Исключение составляют случаи, когда основные средства в процессе реконструкции (модернизации) продолжают использоваться в деятельности, направленной на получение дохода.

Вместе с тем, амортизация по имуществу начисляется с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором объект был введен в эксплуатацию, независимо от даты государственной регистрации этого имущества (п. 4 ст. 259 НК РФ).
Значит, по объекту основных средств, который ранее был исключен из состава амортизируемого имущества в связи с реконструкцией, начисление амортизации нужно продолжить с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором этот объект снова был введен в эксплуатацию после реконструкции.