Согласно письму Минфина России от 12.05.2015г. № 03-07-11/27161, компания вправе перенести вычет по НДС на любой период из трех лет, следующих за кварталом, в котором товары приняты к учету.

С  1 января 2015 года НК РФ прямо разрешил заявлять вычеты по НДС в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия товаров на учет. (п. 1.1., ст. 172 НК РФ). Но из этой нормы не было ясно, как считать трехлетний срок и есть ли у компании еще 25 дней после окончания трехлетнего срока, чтобы подать декларацию.

Из комментируемого письма следует, что три года надо считать с 1-го числа месяца после окончания квартала, в котором компания приняла товары к учету.  При этом подать декларацию можно уже за пределами этого срока, т.е. в течение 25 календарных дней после окончания квартала, в котором истек срок.

На расчет срока не влияет дата получения счета-фактуры. Например, если компания приняла товары к учету в перво квартале 2015 года, а счет-фактуру получила во втором, то вычет надо заявить не позднее первого квартала 2018г.