По общему правилу, действующему до 1 октября 2014 г., налогоплательщик обязан составить счет-фактуру при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения НДС, кроме операций, освобождаемых от налогообложения НДС в соответствии со статьей 149 Налогового кодекса (без каких-либо оговорок).

В новой редакции изложен  подпункт 1 пункта 3 статьи 169 НК РФ «Счет-фактура» (подп. «а» п. 1 ст. 1 Закона от 21 июля 2014 г. № 238-ФЗ) (цитата):
«3. Налогоплательщик обязан составить счет-фактуру, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж:
1) при совершении операций, признаваемых объектом налогообложения в соответствии с настоящей главой (за исключением операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, а также операций по реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав лицам, не являющимся налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, и налогоплательщикам, освобожденным от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, по письменному согласию сторон сделки на несоставление налогоплательщиком счетов-фактур)».

Что это означает на практике?
Если сторонами сделки являются плательщик НДС (продавец) и неплательщик НДС (покупатель – «спецрежимник» или освобожденный от обязанностей по исчислению и уплате НДС по критерию выручки), продавец-налогоплательщик может не выставлять счета-фактуры, но только по письменному согласию сторон сделки.